Depois de obter a bandana Número Um, que o proclama o melhor de todos os guerreiros, Afro passa a maior parte de seus dias em paz, embora suas noites cheias de pesadelos não sejam tão tranquilas. Sua vida se transforma no caos mais uma vez quando Jinno e Sio, seus ex-amigos de muito tempo atrás, tomam a bandana dele, bem como os restos mortais de seu pai. Desafiado por Sio a vestir a bandana Número Dois novamente e se vingar deles por suas ações, Afro embarca em outra jornada como o usuário da tal bandana – um item pelo qual qualquer um o mataria.
Afro Samurai: A ressurreição segue Afro enquanto ele luta uma segunda série de batalhas contra todos os tipos de inimigos, vagando pelo mar de cadáveres em seu rastro para que ele possa mais uma vez saciar sua sede sem fim de vingança.

No ano de 2030 o mundo foi infectado por um vírus que transforma as pessoas em monstros dependendo da sua idade, sexo ou nacionalidade. Em meio a esse caos, um samurai viajante do tempo surge para ajudar uma médica que busca encontrar a cura para o vírus Gibier, responsável por isso.