A história se passa mais de 300 anos após a Calamity War, a grande guerra entre Terra e Marte. Desde então, Marte foi terraformada e colonizada com sucesso, mas mesmo com os avanços tecnológicos, os humanos de Marte ainda anseiam por independência do governo da Terra.

Augus Mikazuki faz parte de um grupo de crianças que trabalham para uma empresa de segurança civil chamada Chryse Guard Security (CGS). Eles recebem a missão de escoltar Kudelia Aina Bernstein, que luta pela independência da cidade marciana de Chryse.

Quando o CGS é atacado por Gjallarhorn, Mikazuki se vê obrigado a escolher entre sua missão e seu amigo de infância Orga Itsuka, que se rebelou contra o comando corrupto. É durante esse dilema que Augus acaba encontrando Gundam Barbatos, o lendário Traje Móvel.