Tudo começa com uma conversa de amigos na escola. Um garoto resolve confessar seus sentimentos à menina que ama, quando de repente se vê petrificado, junto com todos os demais humanos. Até que um dia, ele consegue sair da camada de pedra e encontra um amigo. Estarão eles preparados para tirar todos dos seus casulos de pedra?

Enquanto Senku e Taiju tentam salvar Yuzuriha, se encontram cercados por leões. É quando encontram mais alguém que pode ajudá-los...

Após conhecer o verdadeiro Shishio, Senku sabe que não pode confiar nele. Assim, junto de Taiju e Yuzuriha, ele pretende encontrar alguma forma de derrotá-lo.

Senku decide criar pólvora como forma de controlar Shishio. No entanto, ao tentar criar pólvora, a fumaça gerada tem uma resposta inesperada.

Shishio dá o golpe fatal em Senku, e tudo parece ter acabado. No entanto, Taiju sabe que seu amigo não é de desistir e que tem sempre um plano em mente

Para vencer Tsukasa, Senku decide encontrar as outras pessoas que habitam o mundo de pedra.

Após Senku conhecer Kohaku, ela o leva para sua aldeia. Lá ele encontra Chrome, o feiticeiro da aldeia.

Para conquistar o povo da aldeia, Senku planeja usar a ciência em benefício dos moradores.

Senku faz o que pode para conseguir mão-de-obra para construir seu Reino da Ciência. Enquanto isso, um homem misterioso aparece no vilarejo.

Gen se aproxima cada vez mais do grupo de Senku, mas segue a desconfiança que vá contar tudo para Tsukasa na primeira oportunidade.

Suika nunca mostrou o rosto por causa de um problema que poucos entendem. Mas Senku tem a solução.

Senku e companhia saem em busca do ingrediente definitivo para produzir o antibiótico a base de sulfa. No entanto, a última matéria prima se mostra um desafio mortal para nossos heróis.

A Grande Luta vai começar, e todos bolam uma estratégia para cansar Magma. No entanto, o sorteio não dá o resultado esperado à nossos heróis.

Após a série de truques de Magma para chegar à partida final, o Chrome revela um truque próprio! Com uma pequena ajuda extra da Gen, o Chrome pode conseguir!

Após a improvável vitória de Senku, casamento rápido e divórcio ainda mais precipitado, o reino da ciência está de volta ao trabalho para finalmente terminar o remédio de Ruri!

Ruri revela a origem do nome da vila e Senku descobre o destino de seu pai!

Byakuya e a história dos astronautas continuam, e a conexão de Senku com a Vila Ishigami e os Cem Contos é finalmente revelada.

O exército de Tsukasa está chegando! Kinro luta para manter a ponte contra o lanceiro mortal Hyoga e suas tropas de choque, mas Senku e os moradores estão prontos com novas armas da ciência!

Hyoga está desarmado, mas o reino da ciência ainda está em perigo - a vila de Ishigami está em chamas! E Tsukasa logo saberá que Senku ainda está vivo ... Como os moradores combaterão a invasão vindoura?

O trabalho começa na criação dos componentes do telefone celular de Senku, mas girar o fio de ouro está provando ser uma tarefa e tanto! Felizmente, Chrome e Kaseki "inventam" a roda d'água e melhoram drasticamente o processo!

Com a roda d'água de Chrome e Kaseki terminada, a vila de Ishigami entra na era da eletricidade! Mas com os materiais primitivos disponíveis, Senku será capaz de criar um filamento capaz de suportar o calor intenso da operação de um tubo de vácuo?

Senku, Chrome e Magma se aventuram em uma caverna em busca de tungstênio, mas há um acidente suspeito que deixa Senku e Chrome presos no fundo de um poço! O que o Magma está fazendo ?!

Senku e o resto da vila começam a trabalhar na fabricação dos componentes para o telefone celular. É um trabalho árduo, mas todo mundo está animado!

Com a ajuda dos moradores, Senku completa a produção de sua arma estratégica contra Tsukasa: o celular! É então que Senku aprende, graças à sacerdotisa Ruri, a existência de uma mensagem de outra época ...

O inverno está acabando e a hora da batalha final entre o Reino da Ciência e o Império Tsukasa se aproxima. Para se preparar para o combate, Senku tem uma nova invenção que vai permitir que o Reino da Ciência tenha mobilidade no campo de batalha. Enquanto isso, Gen começa a pensar em um plano.

O plano de Senku começa a dar certo e eles conseguem distrair Homura enquanto Chrome, Gen e Magma seguem em direção à base de Tsukasa para levar o celular. No entanto, Homura percebe o plano e vai atrás do grupo de Chrome. Senku precisava agir para que ela não descubra o celular antes de Taiju e Yuzuriha.

Taiju e Yuzuriha encontram o celular deixado por Gen, Chrome e Magma. No entanto, eles ainda não conseguiram retornar para o vilarejo. O plano de Senku tem Gen como peça fundamental. Se ele não conseguir voltar, tudo irá por água abaixo. Mas o grupo deles está encurralado por um dos homens de Tsukasa...

Taiju e Yuzuriha convenceram Nikki a colaborar. No entanto, Chrome e Magma estão sendo atacados por Ukyo. A situação se resolve com Chrome sendo capturado e levado para o Império Tsukasa. Quando Senku fica sabendo disso, toma a decisão de partir para o ataque com todas as forças do Reino da Ciência!

Senku e companhia aperfeiçoam o automóvel e se preparam para avançar em direção ao Império Tsukasa. Enquanto isso, Chrome é aprisionado em uma caverna, preso atrás de grades de bambu. Mas Tsukasa não vai esperar calado, e com certeza preparará uma armadilha para o Reino da Ciência.

Chrome sabe que o Império Tsukasa está tramando uma série de armadilhas para enganar Senku e os outros. Sabendo disso, ele não tem outra escolha a não ser fugir. Mas para fazer isso, ele não pode depender dos outros e precisa usar sua própria ciência. O problema é, como?

Chrome consegue fugir, mas, estranhamente, ninguém sabe quem o ajudou. Enquanto isso, Senku detalha a missão confidencial que deu a Yuzuriha. Logo após, Gen tenta atrair o máximo de pessoas do Império Tsukasa para o Reino da Ciência usando a voz de Lillian.

Senku e companhia se preparam para a batalha final e usam o Steam Gorilla com uma arma secreta para vencer a luta sem feridos. No entanto, enquanto isso, Tsukasa e Hyoga encontram o celular enterrado no cemitério e se preparam para revidar o ataque.

O Reino da Ciência dominou a caverna milagrosa, mas a batalha ainda não acabou. Tsukasa e Hyoga partem para o combate e o Reino da Ciência se divide em dois grupos, um grupo de batalha e um grupo de cienceiros em busca de uma solução. Conseguirá Senku vencer essa batalha?

Em nome de um objetivo comum, Senku e Tsukasa formarão a dupla mais poderosa da humanidade.

Senku e Tsukasa venceram Hyoga, mas Tsukasa foi mortalmente ferido. No entanto, Senku faz o possível para retardar sua morte. Em meio a isso, Senku pensa uma nova forma de salvar Tsukasa enquanto as duas comunidades começam a se integrar.